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과거 문헌에 따르면 일본뇌염바이러스에 감염된 사람 대부분은 무증상이었으며 약 250명 중 1명 정도만 증상을 호소한 것으로 보고되고 있습니다. 가장 잘 알려진 증상은 뇌염 증상이며, 좀 더 경증의 비세균성 수막염(aseptic meningitis)이나 두통을 동반한 발열 질환도 발생할 수 있는 것으로 알려져 있습니다.